嘉靖十年（1531）知县程㸅建。三进两厢。有正厅、“仰止堂”“中流砥柱坊”“表忠亭”等。作“仰止堂记”。
嘉靖十七年(1538)盐城的县丞胡鳌扩建。扩建为四进两厢。增加“浩然堂”及其它附属建筑。
明万历九年（1581）知县杨瑞云重修。作“重修陆丞相祠记”。
明（具体年代不详）乡人高万杰复建部分坍圮建筑。
清顺治十三年（1656）知县贾国泰重修。
康熙二十六年（1687）工部侍郎孙在丰，捐俸修葺。
乾隆十二年（1747）知县黄垣重加修建，增建围墙。内外堂垣，焕然一新。
清嘉庆二年（1797）知县寿聪修缮。题“南海流芳”。
清嘉庆十年（1805）知县陆树英修缮。题“丹心如在”。
1983年，盐城建市，陆公祠修复重建三进两厢格局。
1995年，江苏省人民政府文件（苏政发[1995]48号）公布陆公祠为“第四批江苏省文物保护单位”。
2008年，盐城市政府扩建陆公祠。恢复“中流砥柱”坊，新建三进厅堂、“光前裕后”照壁及崖山殉国塑像等。
2009年11月24日，经过修复扩建后的陆公祠正式开馆，也为纪念民族英雄陆秀夫诞辰七百七十一周年。
2012年5月23日，江苏省人民政府办公厅（苏政办发〔2012〕102号）红头文件公布陆秀夫祠保护范围：东至儒学街规划西红线；南至陆公祠巷规划南红线；西至陆公祠办公用房西墙；北至北侧市政府宿舍楼南墙；建设控制地带：东至儒学街规划西红线；南至南侧电信大楼北墙；西至解放路规划东红线；北至粥厂巷规划南红线。
2015年4月2日，举办纪念陆秀夫书画展。原市副市长马成志，市人大原主任陆逵，原市文广新局局长季德荣及陆氏后裔陆华先生等和书画爱好者近百人参加开展仪式。
2021年，盐城市侨联为陆公祠授牌“盐城市华侨文化交流基地”。
2023年6月9日，忠烈堂陆氏宗亲会会长陆明华为代表捐赠《盐城陆氏宗谱∙忠烈堂（光绪甲午年纂修）》《忠烈堂陆氏宗谱（影印版）》各一套。
2024年9月23日，陆秀夫祠被命名盐城市社会科学普及基地。